Для бригадно-лабораторной системы организации занятий, претендовавшей на универсальность, было характерно умаление роли учителя, низведение его функций к периодическим консультациям учащихся. Переоценка учебных возможностей учащихся и метода самостоятельного добывания знаний привели к значительному снижению успеваемости, отсутствию системы в знаниях и несформированности важнейших общеучебных умений.
В ответ на критику бригадно-лабораторной системы обучения НИИ методов школьной работы, которым руководил В.Н.Шульгин, стал пропагандировать ее преобразование в проектную систему (метод проектов). Она была позаимствована из американской школы, где ее разработал У. Кильпатрик. Суть этой системы обучения сводится к тому, что учащиеся сами выбирают тему разработки проекта. Она должна быть связана с реальной жизнью и в зависимости от специализации (уклона) учебной группы отражать общественно-политическую, хозяйственно-производственную или культурно-бытовую ее стороны. Однако в проектной системе обучения, как и в бригадно-лабораторной, учитель оставался в той же роли: читал вводную лекцию, консультировал, подводил итоги.