Вопрос о научном статусе методики обучения истории, равно как и методик других учебных предметов, был в центре активных педагогических дискуссий в 50–80-е гг. прошлого века. Тогда её относили к числу и исторических (А.И.Стражев), и педагогических (П.В.Гора, С.А.Ежова и др.) дисциплин. В современном педагогическом сообществе доминирует вторая точка зрения, но когда периодически возникают дискуссии об истории как учебном предмете, кажется, что в научном статусе методики обучения истории определились далеко не все специалисты.
В тесной связи с вопросом о научной природе методики того или иного учебного предмета решается вопрос о её методологии. Так, например, А.И.Стражев, считая методику обучения истории одновременно исторической и педагогической наукой, утверждал, что она в качестве методологической основы руководствуется диалектическим и историческим материализмом. Но вместе с тем он более обстоятельно и конкретно в своих работах показал методологическое значение педагогики. Другой известный методист, В.Г.Карцов, риторически спрашивал: «Неужели методика преподавания истории не должна опираться на методологию самой исторической науки?», а название его статьи со всей определённостью отвечало на поставленный вопрос: «За органическую связь методики преподавания истории с сущностью самого предмета». А.А.Вагин, последовательно отстаивая педагогическую природу методики, подчёркивал, что «непосредственной методологической основой методики обучения истории . является марксистско-ленинская педагогическая теория…». Все эти идеи подводили к выводу о том, что методика обучения истории носит классовый, партийный характер (С.А.Ежова и др.).
В 1990-е гг. принципиальному пересмотру подверглась методология не только исторической и педагогической наук, но и частных (предметных) методик, особенно методики обучения истории и обществознанию. «В преподавании общественных дисциплин сфокусировались все противоречия российского общества, переживающего переходный период своего развития. Деидеологизация школьного обществоведческого образования на практике означала лишь его декоммунизацию, отказ от марксистской идеологии. Кризис общества сказался на состоянии общественных наук, школьного обществознания и не позволил сформулировать новую позитивную стратегию школьного обществознания .» («Стратегия развития исторического и обществоведческого образования в общеобразовательных учреждениях», № 24/1 от 28.12.1994 г.) В постановляющей части этого документа было рекомендовано продолжить разработку новой концепции исторического образования на основе достижений современной науки, исторического синтеза, сочетания социологического, географо-антропологического, культурно-психологических подходов.
В современных архивах методики обучения находится не один проект концепций образовательной области «Обществознание», учебного предмета «История» и отдельных курсов , в силу разных причин не получивших статус официального документа.
Теоретико-методологической основой работ в области школьного исторического образования в последние годы служат различные концептуальные подходы, синтезирующие идеи философии истории и философии образования, гуманистической педагогики и психологии, теории воспитывающего, личностно-ориентированного и развивающего обучения. Новый импульс развитию научно-методического знания придаёт обращение специалистов к идеям педагогической аксиологии, педагогической праксеологии, педагогической мифологии.